Alle beteiligten Kliniken setzen im Rahmen der Leitungszirkelkonferenz zu Anfang des Jahres die Fortbildungsthemen und -inhalte fest, erstellen einen gemeinsamen Jahresfortbildungsplan und veröffentlichen diesen in den jeweiligen klinikinternen Fortbildungskalendern.

Zweimal pro Jahr gibt es auf Ebene des gesamten Perinatalzentrums Ostbayern gemeinsame Fortbildungsveranstaltungen mit peri-/ neonatologischen Schwerpunkt. Etabliert sind bereits der Neonatologietag am DONAUISAR Klinikum Deggendorf sowie der Pflegetag in der Kinderklinik Dritter Orden Passau. Diese Veranstaltungen werden jeweils bei der Bayerischen Landesärztekammer zur Zertifizierung angemeldet.